¨ відставання в темпах розбудови української частини системи міжнародних транспортних коридорів (аналіз пропускної здатності автомобільних і залізничних магістралей, які входять у систему МТК на території України, свідчить, що практично на кожному напрямку залишаються ділянки, які мають пропускну спроможність у декілька раз нижчу ніж в цілому для всієї магістралі. Це знижує ефективність функціонування всієї магістралі попри всі позитивні заходи, які були уже реалізовані відповідно до „Програма створення та функціонування національної мережі міжнародних транспортних коридорів”);
¨ низька якість внутрішньої транспортної мережі, обмеженість швидкості транзитних перевезень, технічно застарілий рухомий склад;
¨ технічна зношеність основних фондів, базових об’єктів транспортної інфраструктури, відсутність комплексного підходу до технічного оздоровлення галузі;
¨ низький рівень розвитку інфраструктури державного кордону, низька пропускна спроможність прикордонних пунктів пропуску та відносно висока вартість послуг, що надаються при перетині кордону, складна та тривала процедура проходження кордону, простої на кордоні;
¨ відсутність або нерозвиненість комплексного, у тому числі інформаційного, обслуговування перевізників та електронного документообігу;
¨ численні перепони при оформленні міжнародних транзитних вантажів, недостатня ефективність заходів щодо збереження вантажів та криміногенна обстановка на дорогах;
¨ певна невизначеність та недостатня послідовність транспортної політики України, відсутність системного комплексного характеру заходів, що вживаються, відсутність державного протекціонізму у підтримці власних вантажоперевізників та судноплавних компаній, надання їм статусу національних перевізників, відсутність заходів щодо стимулювання експорту власних транспортних послуг (залежність зовнішньої торгівлі від іноземного флоту – вітчизняний флот забезпечує лише 7,5% міжнародних зовнішньоторговельних операцій);
¨ недостатня активність України у приєднанні і виконанні міжнародних конвенцій та інших нормативно-правових актів щодо транзитних та транспортних перевезень (зокрема, до Європейських конвенцій, що регулюють перетин кордону, угод Єврокомісії щодо транспортних операцій, питань оподаткування, приватного права та ін.);
¨ політична та економічна нестабільність, часті зміни у законодавчому та правовому полі щодо здійснення транспортних перевезень та процедури перетину кордонів, неузгодженість національних законодавчих актів з відповідними нормами у європейських країнах;
¨ недостатньо гнучка тарифна політика, яка не завжди враховує зміни у тарифній політиці країн-конкурентів та не сприяє забезпеченню конкурентоспроможності перевезень по території України у порівнянні з іншими країнами, наявність місцевих зборів, необхідність внесення фінансової застави і т.д;
¨ невизначеність щодо майбутнього функціонування суднового ходу Дунай – Чорне море.
Більшість із названих внутрішніх чинників функціонування транспортного комплексу мають системний характер.
Проблема полягає у тому, що порти є лише однією ланкою, яка забезпечує обслуговування транзиту та експортно-імпортних операцій, важливими ланками загального процесу переміщення транзиту через територію України є залізничний, автомобільний транспорт, пункти перетину сухопутних кордонів у всіх напрямках. Ефективна робота лише портів у цьому транспортному циклі не забезпечує повною мірою кінцевий результат. Тому вирішення проблеми потребує насамперед комплексного підходу, який може бути реалізований лише в рамках принципово нової стратегії держави щодо розвитку транспортного комплексу, єдиної національної транспортної політики, спрямованої на координацію дій усіх учасників перевезень, узгоджений розвиток інфраструктури транзиту, вдосконалення тарифної політики та на формування транзитної привабливості території України та підвищення конкурентоспроможтності перевезень.