Точная причина эндометриоза неизвестна, хотя по логике можно предположить ослабление функций иммунной системы и/или гормональные нарушения. Иммунная система слабеет от внутреннего загрязнения, частых эмоциональных стрессов, отсутствия двигательной активности. Гормональные нарушения в организме женщины могут происходить от применения гормональных противозачаточных таблеток, различных операций на половых органах (разного рода стерилизации).
Беременность и кормление грудью обычно приводят к вялому течению эндометриоза из-за гормональных изменений, ведущих к предотвращению овуляции. Полностью болезнь исчезнет после климакса вследствие прекращения менструаций и овуляции.