У женщин биохимические взаимоотношения с кофеином особые, и связано это с тем, что женский половой гормон, экстроген, метаболизируется в печени теми же ферментными системами, что и кофеин. Поэтому каждое из этих двух веществ затрудняет разрушение другого. Следовательно, у женщин кофеин циркулирует в крови более длительное время, чем у мужчин, а прием кофеина приводит к повышению концентрации в крови эстрогена.
У женщин есть также ряд особых следствий воздействия кофеина, например, касающихся беременности и обмена кальция в костной ткани. Но об этом в соответствующих разделах.