Глоссалгию и стомалгию иногда принимают за невралгию тройничного и языкоглоточного нервов, чаще с травматическим поражением язычного нерва и зубных веточек, глосситом, красным плоским лишаем и др. Общим признаком всех этих заболеваний является болевой синдром, однако только при глоссалгии и стомалгии болевые ощущения уменьшаются или исчезают во время еды. При невралгиях характер боли острый, пароксизмальный, имеются курковые зоны. При одонтогенных невропатиях можно выявить этиологию заболевания (одонтогенный фактор, травматическое повреждение).
При заболеваниях слизистой оболочки полости рта всегда обнаруживаются элементы поражения, характерные для данной патологии (язвы, афты, эрозии и т.п.). У больных с глоссалгией и стомалгией изменения слизистой оболочки отмечаются далеко не всегда и носят характер трофической дисфункции.
Стомалгию и глоссалгию необходимо дифференцировать от грибковых поражений слизистой оболочки полости рта – кандидоза и лептотрихоза. В клинической картине этих заболеваний много сходного: сухость полости рта, жжение, дискомфорт, нарушение вкуса. Помогает в постановке правильного диагноза микробиологический анализ соскоба с языка: при кандидозе и лептотрихозе высевается большое количество гриба кандида, его мицелий, лептотрихии.
Истинную глоссалгию важно отличать от гальванического синдрома полости рта, который возникает при наличии ортопедических конструкций из разнородных металлов. Больных при этом беспокоит сильное жжение и металлический привкус. При измерении разности потенциалов между металлическими включениями могут быть данные, превышающие 10 мкА.