| Рестриктаза | Последовательность олигонуклеотидов в окрестностях сайта рестрикции | Длина цепи, нт | Процент расщепления олигонуклеотида после инкубации в течение | |
| 2 ч | 20 ч | |||
| BamHI | CGGATCCG CGGGATCCCG CGCGGATCCCGC | >90 >90 | >90 >90 | |
| BglII | CAGATCTG GAAGATCTTC GGAAGATCTTCC | >90 >90 | ||
| ClaI | CATCGATT GATCGATC CCATCGATGG CCCATCGATGGG | >90 | >90 | |
| EcoRI | GGAATTCC CGGAATTCCG CCGGAATTCCGG | >90 >90 >90 | >90 >90 >90 | |
| HindIII | CAAGCTTG CCAAGCTTGG CCCAAGCTTGGG | |||
| NheI | GGCTAGCC CGGCTAGCCG CTAGCTAGCTAG | |||
| PstI | GCTGCAGC TGCACTGCAGTGCA |
Таблица II.1 (окончание)
| Рестриктаза | Последовательность олигонуклеотидов в окрестностях сайта рестрикции | Длина цепи, нт | Процент расщепления олигонуклеотида после инкубации в течение | |
| 2 ч | 20 ч | |||
| PvuI | CCGATCGG ATCGATCGAT TCGCGATCGCGA | |||
| SacI | CGAGCTCG | |||
| SacII | GCCGCGGC TCCCCGCGGGGA | >90 | ||
| SmaI | CCCGGG CCCCGGGG CCCCCGGGGG TCCCCCGGGGGA | >90 | ||
| SpeI | GACTAGTC GGACTAGTCC CGGACTAGTCCG CTAGACTAGTCTAG | >90 >90 | ||
| SphI | GGCATGCC CATGCATGCATG ACATGCATGCATGT | |||
| XbaI | CTCTAGAG GCTCTAGAGC TGCTCTAGAGCA CTAGTCTAGACTAG | >90 | >90 >90 >90 | |
| XhoI | CCTCGAGG CCCTCGAGGG CCGCTCGAGCGG | |||
| Примечание. Курсивом выделены последовательности сайтов рестрикции. |
ДНК-метилазы. Большинство штаммов E. coli содержит два типа ферментов, метилирующих ДНК: dam- и dcm-метилазы. Первая осуществляет перенос метильных групп в N-положение аденина в последовательности GATC. В таком случае многие рестриктазы (например BclI, MboI или ClaI), в состав сайтов рестрикции которых входит данная метилированная последовательность, перестают расщеплять ДНК по этим сайтам. Аналогичное действие на некоторые рестриктазы, например EcoRII, оказывает и dcm-метилаза, осуществляющая метилирование остатков цитозина по положению С5 в последовательностях CMeCAGG и CMeCTGG. Для того чтобы избежать нежелательного влияния этих метилаз на клонируемые ДНК, в качестве хозяев используют мутантные штаммы E. coli: dam- и dcm-. ДНК-метилазы бактериальных систем рестрикции и модификации применяют для блокирования in vitro соответствующих сайтов рестрикции на исследуемых фрагментах ДНК с целью получения под действием гомологичных рестриктаз фрагментов больших размеров.