Основным методическим достижением генной инженерии в исследовании генов является разработка способов выделения индивидуальных генов и экспрессии их в новом генетическом окружении в гомологичных и гетерологичных генетических системах. Именно эти аспекты генной инженерии были подробно рассмотрены в предыдущих разделах. Однако для изучения тонкой структуры уже клонированных генов, их картирования на хромосомах и исследования механизмов регуляции экспрессии были разработаны другие не менее эффективные методы.