Техника трансгеноза открывает практически безграничные, принципиально новые возможности исследования экспрессии генов. Ниже будут кратко рассмотрены четыре активно развиваемые направления использования трансгенов в фундаментальных и прикладных исследованиях. К ним относятся: а) изучение молекулярных механизмов экспрессии генов; б) исследование механизмов дифференцировки соматических клеток в онтогенезе многоклеточных организмов; в) подходы к изменению физиологического статуса лабораторных и сельскохозяйственных животных; г) моделирование наследственных и приобретенных заболеваний человека. Два последних направления исследований являются фундаментом для современной и будущей генотерапии.