Фактор | Структура | Молекулярная масса полипептидов, кДа | Функция |
P-TEFb | Гетеродимер | 124, 43 | Препятствует прекращению элонгации, ингибируется DRB |
SII (TFIIS) | Мономер | Препятствует прекращению элонгации, стимулирует расщепление транскрипта | |
TFIIF | Гетеродимер | 30, 70 | Устраняет задержку элонгации РНК |
Элонгин (SIII) | Гетеротример, включающий элонгины A, B и С | Та же | |
Элонгин А | Активная субъединица | ||
Элонгин В | Регуляторная субъединица | ||
Элонгин С | Та же | ||
ELL | Устраняет задержку элонгации РНК | ||
Примечание. DRB – 5,6-дихлоро-1-b-D-рибофуранозилбензимидазол |
выделенного в гомогенном состоянии из экстрактов Drosophila, подавляется нуклеотидным аналогом – DRB. Фенотипическим проявлением действия этого ингибитора является общее подавление синтеза гяРНК в ядрах вследствие резкого повышения частоты перехода элонгирующего комплекса в состояние полного прекращения транскрипции вблизи промоторов. DRB не подавляет элонгацию цепей РНК в бесклеточных системах транскрипции, реконструированных из высокоочищенных компонентов, что дало основание предполагать наличие дополнительных факторов, которые контролируют процесс перехода комплексов РНК-полимеразы II в фазу элонгации и чувствительны к действию этого ингибитора. Фактор P-TEFb оказался белком, обладающим именно такими свойствами. Механизм действия P-TEFb, благодаря которому этот фактор препятствует прекращению транскрипции РНК-полимеразой II, неизвестен. Предполагают, что он может быть связан с фосфорилированием РНК-полимеразы II или сопутствующих факторов транскрипции.
Небольшой белковый фактор SII, впервые выделенный из клеток асцитной опухоли Эрлиха, обеспечивает преодоление РНК-полимеразой II препятствий в виде нуклеопротеиновых комплексов или специфических последовательностей ДНК, вызывающих преждевременное прекращение транскрипции в кодирующих частях генов. Однако он не оказывает влияния на РНК-полимеразу, прекратившую элонгацию в DRB-чувствительной фазе. Фактор SII стимулирует эндонуклеазное отщепление 3’-концевой части транскрипта в комплексе, прекратившем элонгацию, что дает возможность РНК-полимеразе II продолжить элонгацию цепи РНК. Активный сайт РНК-полимеразы, обладающий такой эндонуклеазной активностью, ингибируется a-аманитином – специфическим ингибитором РНК-полимеразы II эукариот. Клетки дрожжей, у которых фактор SII инактивирован под действием мутаций, обладают повышенной чувствительностью к 6-азаурацилу и микофеноловой кислоте, которые, как известно, ингибируют биосинтез нуклеотидов, понижая внутриклеточное содержание GTP и UTP. Это, в свою очередь, оказывает сильное влияние на эффективность элонгации РНК РНК-полимеразой II в мутантных клетках.
Другая группа основных факторов элонгации супрессирует задержку элонгации цепей РНК, тем самым уменьшая вероятность перехода элонгирующих комплексов в состояние полного прекращения элонгации. Эту группу составляют три структурно неродственных белка: факторы TFIIF, элонгин (SIII) и ELL, которые, по-видимому, взаимодействуют непосредственно с компонентами тройного элонгирующего комплекса. Ни один из этих белков не способен реактивировать комплексы, полностью прекратившие транскрипцию, или стимулировать расщепление РНК в этих комплексах. Точный механизм супрессирующего действия данных факторов на задержку элонгации неизвестен. Недавно было установлено, что и элонгин, и фактор TFIIF резко повышают способность РНК-полимеразы II осуществлять зависимое от матрицы присоединение рибонуклеозидтрифосфатов к 3’-OH-концам фрагментов ДНК, которые в этом случае выполняют функцию праймеров. Предполагают, что роль элонгина и фактора TFIIF может заключаться в обеспечении правильного расположения в активном центре элонгирующего фермента 3’-OH-концов растущих транскриптов. Фактор TFIIF занимает особое место среди других основных факторов транскрипции, поскольку только он обладает способностью контролировать активность РНК-полимеразы II как на стадии инициации транскрипции, так и в фазе элонгации. При этом способность этого фактора оказывать действие на инициацию транскрипции или элонгацию контролируется разными доменами его полипептидных цепей.
Элонгин (SIII) впервые был выделен из ядер печени крыс в виде белкового комплекса, состоящего из трех субъединиц A, B и C с молекулярными массами ~150, 18 и 15 кДа соответственно. Транскрипционная активность элонгина (SIII) целиком ассоциирована с его A-субъединицей, а две другие служат регуляторными и после образования стабильного димера оказывают сильное стимулирующее действие на транскрипционную активность A-субъединицы. Собственно стимулятором активности элонгина А является элонгин C, тогда как элонгин B, гомологичный убиквитину, не взаимодействует стабильно с элонгином А в отсутствие элонгина С и выполняет шапероноподобную функцию при сборке всего комплекса элонгина (SIII). На особую роль элонгина (SIII) в регуляции экспрессии генов указывает тот факт, что у человека он известен как потенциальная мишень действия продукта антионкогена (гена-супрессора опухолей) von Hippel–Lindau (VHL), мутации в котором ассоциированы с возникновением многих видов рака у человека. Белок VHL специфически взаимодействует с комплексом элонгина BC, препятствуя его связыванию с элонгином А. При этом мутации в антионкогене, сопровождающие онкологические заболевания, уменьшают прочность взаимодействия мутантного белка с элонгином BC.
Ген фактора элонгации ELL (eleven–nineteen lysine-rich leukemia) человека, локализованный на хромосоме 19 (19p13.1), первоначально был обнаружен в связи с его частыми транслокациями в ген MLL (mixed lineage leukemia) на хромосому 11 (11q23) при острых миелоидных лейкозах. Предполагают, что продукт гена MLL участвует в регуляции транскрипции гомеозисных генов. В результате транслокации образуется "онкоген", кодирующий гибридный белок, который образован почти полным полипептидом ELL, объединенным с N-концевой частью белка MLL. Роль белка ELL в развитии лейкозов неясна, поскольку в настоящее время обнаружены шесть других генов, претерпевающих транслокацию в то же самое место на хромосоме 11, которые ассоциированы с лейкозами с различными клиническими проявлениями, характер которых зависит от природы транслоцируемого гена.
Терминация транскрипции. Прекращение синтеза РНК под действием РНК-полимеразы и освобождение РНК из транскрипционного комплекса происходят в конце транскрипционных единиц на особых участках ДНК - терминаторах транскрипции. Терминаторы транскрипции, функционирующие с разной эффективностью, могут находиться и внутри транскриптонов. Такие терминаторы являются мощными факторами, регулирующими уровень транскрипции (и других этапов экспрессии) соответствующих генов. Для осуществления терминации транскрипции на некоторых терминаторах РНК-полимеразам не требуется дополнительных белковых факторов, тогда как другие терминаторы в их отсутствие не функционируют.
Терминация транскрипции у бактерий.Типичные терминаторы, не требующие для своего распознавания РНК-полимеразой E. coli дополнительных белковых факторов, содержат GC-богатый участок, обладающий центральной симметрией, вслед за которым располагается последовательность нуклеотидов, состоящая из выстроенных подряд четырех–восьми остатков A, в матричной цепи ДНК. Транскрипция завершается на конце этой олиго(A)-последовательности или же на следующем за ней нуклеотиде. Предполагается, что после прохождения РНК-полимеразой GC-богатого участка ДНК с центральной симметрией в этом месте РНК образуется шпилька, что приводит к разрушению ДНК–РНК-гибрида в транскрибирующем комплексе.