Основной канал влияния лимбической системы на тело — через гипоталамус (небольшая область мозга). Сообщение, полученное гипоталамусом от лимбической системы, передается двумя важными способами:
1. Часть гипоталамуса — часть, больше всего реагирующая на эмоциональный стресс — участвует в контроле иммунной системы;
2. Гипоталамус играет решающую роль в регуляции деятельности гипофиза, который в свою очередь регулирует деятельность эндокринной системы, с ее широким диапазоном функций гормонального контроля всего тела.