Генетичну схильність до розвитку хронічного панкреатиту пов'язують з мутацією гена катіонічного трипсиногену (РRSSІ) і гена серинпротеазного інгібітора типу 1 (SPINK 1). SPINK1 — невеликий пептид, функцією якого є фізіологічне інгібування трипсину. Він виробляється клітинами підшлункової залози разом з трипсином у співвідношенні 1:5. При виникненні інтрапанкреатичної активації трипсиногену і запуску процесу автолізу підшлункової залози нормальна форма білка SPINK 1 здатна інгібувати до 20 % трипсину. У випадку, якщо білок неактивний через мутацію або активація трипсину більш інтенсивна, включається друга лінія захисту — розщеплення трипсину. У виипадку мутації гена трипсиногену R.122Н (заміна аргініну на гістидин в 122 положенні) цей механізм захисту виявляється неспроможним і запускається процес руйнування клітин підшлункової залози з формуванням панкреатиту.