Геномная дактилоскопия основана на анализе вариабильных участков ДНК. Вариабильные участки ДНК имеют разную длину у разных людей, т.к он может иметь разное количество копий относительно короткого фрагмента, состоящего из нескольких нуклеотидов. Эти вариабильные районы многократно редуплицируют с помощью метода полимеразных цепных реакций. После электрофореза получают уникальную для каждого человека картину длин фрагментов ДНК, которая получила название «геномного отпечатка пальцев». Метод может использоваться для идентификации личности человека (по следам крови, фрагментам тканей или органов), а также для установления родства.
Установление родства основано на том, что высокоповторяющиеся фрагменты наследуются. Ребенок получает половину фрагментов от матери и половину от отца. У ребенка не могут быть фрагменты, отсутствующие у родителей. Метод геномной дактилоскопии высокочувствительный. Со временем будет возможно создание банка данных о геномной дактилограмме любого человека (наподобии банка отпечатков пальцев).