До установления вида микроорганизма, вызвавшего инфекционное заболевание контактным лицам, личному составу аварийно-спасательных и других формирований участвующих в ликвидации ЧС проводится общая (неспецифическая) экстренная профилактика антибиотиками широкого спектра действия или комплексами антибиотиков. Распоряжение о проведении экстренной медицинской профилактики выдается санитарно-противоэпидемическими комиссиями. Ответственность за ее проведение возлагается на руководителей учреждений, предприятий, формирований находящихся в зоне ЧС, медико-санитарных частей, ведомственных и участковых поликлиник, амбулаторий и т.д. Методическое руководство и контроль за выполнением мероприятий экстренной профилактики возлагается на органы здравоохранения зоны карантина. Очередность экстренной профилактики определяется местными органами исполнительной власти по представлению органов здравоохранения. В первую очередь она проводится лицам группы риска и лицам, имеющим контакт с инфекционными больными или бактерионосителями, а также личному составу формирований и служб, занятых ликвидацией последствий ЧС, а также в детских коллективах. Во вторую очередь среди остальных категорий населения. Для этих целей на территории каждого микроучастка населенного пункта формируются сестринские бригады медицинского обслуживания.
Специфическая профилактика (вакцины; интерфероны; бактериофаги; гомологичные и гетерологичные сыворотки крови; антибактериальные препараты, оказывающие высокое этиотропное действие на возбудителя) в зоне карантина проводится при установлении вида возбудителя.