Карнаке, построенный к востоку от святилища Амона. Такой выбор места связан с необходимостью иметь место, не закрытое другими постройками, чтобы по утрам приветствовать обрядами ежедневное появление солнца из-за восточных гор. С другой стороны, возможно, что, расположив храм нового бога в самом центре Карнака, Аменхотеп IV подчеркивал смещение по оси храма как смыслового центра с оси Амона на ось Атона. Новый храм получил название «Пер-Атон-техен-пао» («Дом Атона блистающего великого»), Фивы теперь именовались не «Город Амона», а «Город Атона блистающего великого».
Храм Атона был полностью разрушен при Хоремхебе. Камни храма Атона были использованы для постройки гипостиля и пилонов храма Амона. Сохранились лишь фрагменты гигантских статуй Аменхотепа IV и фрагменты рельефов храма.