Средоточием архитектуры времени Эхнатона стал Ахетатон («Небосклон Атона»), ныне Эль-Амарна. Хотя храмы Атону строились и в других городах Египта (Луксор, Гермонтис, Кис), а также в Нубии.
Раскопки города дали великое множество археологического материала. Город возник не случайно, он был выстроен на том месте, где никогда раньше не было города (чистое место). В противном случае фараон обязательно столкнулся бы с культом местного божества и жречеством.
Ахетатон был построен менее чем за 10 лет. Город имел многочисленные и разнообразно декорированные храмы и дворцы, окруженные садами, жилые дома среднего класса, мастерские скульпторов и ремесленников. Он производил яркое и нарядное впечатление. В гробнице одного из строителей Ахетатона надпись, восхваляющая новую столицу: "Увидеть столицу - увидеть Небо, увидеть Солнце".
Официальная часть Ахетатона располагалась в центре города на участке площадью 1 кв. км. В центре располагались основные здания: дворец с дворцовым святилищем (главный храм Атона), главный храм Атона, его склады, жилища жрецов, военное управление, ведомство иностранных дел, податное управление, казармы. Здесь же огромное количество садов, бассейны.
По периметру к этому району примыкали кварталы, заселенные знатью. Позади жилищ вельмож и жрецов находились дома среднего класса, еще дальше - дома низшего слоя населения. Затем - загород, загородное место, место отдыха.
Город строился быстро - у архитекторов не было времени на капитальное строительство. Кирпич-сырец использовался для обычных зданий. И обожженный кирпич + бут, колотый камень - для дворцов фараона и храмов. И все это штукатурилось и красилось под известняк.
Главный храм Атона в Ахетатоне. Назывался Пер-Атон-эм- Ахетатон - «Дом Атона в Ахетатоне». Храм ориентирован с востока на запад, чтобы первый луч Солнца проникал в храм.