Входом в храм служил и55илои из кирпича. По сторонам от него стояли два павильона тоже из кирпича, облицованного камнем. В строительстве часто используется алебастр. Каждый павильон имел портик, состоявший из восьми колонн. За павильонами находились три открытых двора, расположенные по главной оси друг за другом. И между этими дворами - пилоны.
Затем шла колоннада и за ней еще три открытых двора. Внутреннее пространство первых четырех открытых дворов заполнено жертвенниками. В двух последующих дворах - один большой алтарь, окруженный постройками.
К востоку, на расстоянии 350 м от главного храма Атона, расположено святилище Атона. Оно имело на фасаде пилон (кирпичный, побеленный под известняк), к которому примыкали два павильона с четырьмя колоннами каждый. В этих павильонах находились статуи фараона. Перед фасадом святилища, налево от ворот, стояла большая стела и монументальная статуя фараона. Позади пилона тянулся открытый двор с большим жертвенником и множеством мелких жертвенников вокруг. Двор обнесен глухой стеной со всех сторон, а за этой стеной находился еще один открытый двор с огромным жертвенником (сюда вели специальные боковые ворота). Это самое раннее место культа Атона в Ахетатоне.
Внешне кажется, что новые храмы в корне отличаются от того, что было раньше. Отсутствуют молельни со статуями божеств, нет внутренних колонн. Всюду - символы диска с руками. Множество открытых дворов с жертвенниками. Но традиционные черты всегда присутствуют, например:
1) Ориентация новых храмов та же, что и у храма Амона в Карнаке.
2) Храм огораживается, обносится прямоугольной стеной, сохраняется осевая симметрия, правая сторона - зеркальное отражение левой.
3) Вход в виде пилона, правда, пилоны пониже, чтобы не загораживать небо. Мачты возле пилонов, зовущие вверх.
4) Основной элемент декорации - колонны, также присутствуют скульптуры царя.
Однако, теперь пилоны невысоки, колоннады сведены к павильонам перед пилонами, статуи царя украшают только павильоны.
Второй малый храм Атона е Ахетатоне - «Хет-Атон-эм-Ахетатон» (Дворец Атона в Ахетатоне), являющийся дворцовым святилищем, по своему внешнему облику близок к большому храму. Его территория была также обнесена стеной, в западной стороне которой находилось трое ворот. Средние ворота были оформлены в виде пилона с мачтами. За первым пилоном находилось три открытых двора, каждый из которых имел вход в виде пилона. В первом дворе располагался большой алтарь, вокруг которого стояли маленькие жертвенники. Во втором дворе, вероятно, также находился алтарь. Посередине третьего двора возвышалось собственно святилище, окаймленное с трех сторон аллеей с рядами деревьев. Святилище было близко расположено к святилищу главного храма. Само святилище имело внешний двор и ряд внутренних дворов. Вход во внутренние дворы был оформлен в виде тонкого пилона. В центре первого двора святилища стоял