Жилая половина дворца, где находились комнаты фараона и его семьи, также отличалась большой пышностью. Центром жилого комплекса служил зал с сорока двумя деревянными колоннами, соединенный проходом с личными покоями фараона и царицы, за которыми следовали шесть спален царевен.
В главном дворце имелись сады с беседками и прудами, предназначенные для отдыха фараона, зверинец с диковинными животными, птичник, многочисленные кладовые и кухни.
В северной части города - Северный Дворец Эхнатона (для увеселения царя и его семьи). Территория дворца представляла собой в плане прямоугольник (142*112 м), обнесенный стеной высотой 2 м. Дворцы как храмы - те же элементы: пилоны, открытые дворы, мачты и т.д. В храмах нет помещений для увеселений, для развлечений, для отдыха.
Южный дворец Эхнатона состоял из двух частей и назывался Мару- Атон. Он состоял из двух частей, каждая из которых представляла собой в плане прямоугольник, обнесенный массивной стеной из кирпича-сырца. Северная часть 200x100 м. Южная часть 160x80 м. Внутренние поверхности стен были покрыты росписью вьющегося винограда.
Основную территорию северной части дворца занимал сад с бассейном посередине (120*60 м и глубиной 1 м). Вдоль северного берега бассейна располагалось вытянутое в длину кирпичное здание, состоящее из трех колонных залов с небольшими боковыми помещениями. В глубине первого зала - возвышение для трона, на которое вели ступени. Средняя часть второго зала - открытый сад. Стены этого зала расписаны виноградными лозами и гроздьями, как и стены третьего зала. В кладовых, примыкавших к третьему залу, обнаружено множество разбитых сосудов для вина.
Считается, что первый зал - для аудиенций, а два других предназначены для женщин царского гарема. Несомненно ритуальное назначение этих дворцов. В них присутствует ряд черт, общих с храмами Нового царства.
К востоку за большим бассейном расположен целый комплекс зданий. Первое здание комплекса представляет собой квадратный двор, обнесенный массивной стеной со входом в виде пилонов. Южная стена двора служила входом в небольшой храм, северная стена, оформленная в виде пилона, вела в сооружение из трех зданий, окруженных рвом.
Зодчими Эхнатона решалась сложная градостроительная проблема: разделение и объединение вместе. Они умели выделять главное сооружение в комплексе. Не было монотонности, не было единообразия. Разнообразие орнамента, цвета, форм, облицовки разным материалом, глазурованные плитки. Великое разнообразие типов колонн.