Особое место в деятельности зодчих Ахетатона занимало сооружение гробниц для царя, его семьи и высшей знати. Гробницы вырубались в скалах, окружавших город с востока, чтобы умершие могли быть ближе к восходящему солнцу, "встречать восходящего Атона". С востока от города были выбраны места для двух некрополей.
Гробницы обычно имели два помещения, соединенные проходом. Расположение этих помещений в разных гробницах было различно. В глубине второго помещения обычно устраивалась ниша с вырубленной в скале статуей владельца гробницы (как и в скальных гробницах других периодов искусства). В большинстве гробниц имелись колонны в виде связок папируса. Стены гробниц покрывали рельефами (однако как правило декорировка гробниц Ахетатона не закончена).
Царская усыпальница была устроена отдельно от гробниц вельмож и состояла из группы осевых (расположенных на главной оси сооружения) и боковых помещений. Боковые помещения предназначались для захоронений ближайших родственников фараона. Например, в одном из таких помещений была погребена вторая дочь Эхнатона царевна Макетатон, умершая в Ахетатоне. Сам Эхнатон был похоронен в своей гробнице (до нас она дошла разграбленной, сохранились только фрагменты саркофагов из розового гранита и ушебти Эхнатона).
Гробница Тутанхамона, обнаруженная 4 ноября 1922 года археологом Говардом Картером в Долине Царей под кучей мусора, сваленной строителями гробницы Рамсеса VI, и дошедшая до нас неразграбленной, помимо подземного прохода в скале длиной 8,2 м, имела 4 помещения:
1. Передняя (Вестибюль), входная комната, из которой можно попасть в две комнаты.
2. Кладовая для приношений и утвари.
3. Погребальная камера, в которой находился массивный саркофаг из кварцита. В кварцитовый саркофаг было помещено три гроба, последний из которых был сделан из золота.
4. Сокровищница.
Археологам понадобилось около десяти лет, чтобы освободить гробницу от более 3000 предметов, находившихся здесь. Большинство из найденных в гробнице предметов находится сейчас в Каирском музее.
В гробнице Тутанхамона расписаны только стены погребальной камеры. Они изображают заупокойные обряды и сцены пребывания фараона в загробном мире. В частности здесь присутствует сцена "отверзания уст и очей" Тутанхамона. Выполняет этот обряд фараон Эйе, женившийся на вдове Тутанхамона и правивший после него.
Очень интересна история строительства заупокойных храмов фараонами Тутанхамоном, Эйе, Харемхебом. Вначале Тутанхамон выбрал для своего заупокойного храма место к юго-западу от храма Аменхотепа III. Затем, не закончив строительство, Тутанхамон умер, а заупокойный храм Тутанхамона узурпировал Эйе. Вход в храм был оформлен пилоном, за которым располагался небольшой дворец. Затем шел еще один пилон, позади