В первую навигацию 1933 года было перевезено 1143 тыс. тонн грузов и 27 тыс. пассажиров[35]. В 1940 году объём перевозок составил около миллиона тонн, что составляло 44 % пропускной способности[36]. Пик грузоперевозок по каналу пришёлся на 1985 год. Тогда по Беломорско-Балтийскому водному пути было перевезено 7 млн. 300 тыс. тонн грузов[37]. Такие объёмы перевозок сохранялись на протяжении последующих пяти лет, после чего интенсивность судоходства по каналу значительно снизилась.
В 1990-е был спад и только в начале 2000-х гг. объёмы грузоперевозок по каналу начали постепенно расти[38], но всё равно они остаются намного ниже прежних. Например, в 2001 году по каналу было перевезено 283,4 тыс. тонн грузов, в 2002 перевезено 314,6 тыс. тонн[39]. В навигационный период 2007 года по каналу было перевезено 400 тыс. тонн, также вдоль канала путешествовали 2500 пассажиров.
Со стратегической точки зрения канал предоставил возможность связать Белое и Балтийское моря. Уже в 1933 году Беломорский канал позволил создать защиту северных рубежей государства. До этого времени северо-арктическое побережье практически никем не охранялось и не было защищено от возможного вторжения. Первыми судами, прошедшими по новой водной трассе, стали военные корабли — одни из первых советских субмарин класса «Декабрист». Однако, вплоть до углубления канала в 1970-х гг., передвижение крупных судов с большой осадкой, в первую очередь военных, было невозможно из-за малой глубины[6]. Например, подводные лодки перевозились буксирами на баржах.
Беломорско-Балтийский канал является перспективным маршрутом туристических судов.
Гарантированные минимальные габариты судового хода: глубина 4 м, ширина 36 м, радиус закругления 500 м. Размеры камер всех шлюзов — 135×14,3 м. Скорость движения судов на искусственных участках канала ограничена 8 км/ч. В условиях ограниченной видимости (менее одного километра) движение судов по каналу запрещается. Средняя длительность навигации на канале составляет 165 суток.