Важнейшие порты и пристани — Волгоград, Волжский, Дубовка (см. ДУБОВКА (город)), Калач-на-Дону (см. КАЛАЧ-НА-ДОНУ).
В 1870-е гг. на Белом море Товариществом Беломорско-Мурманского срочного пароходства и Товариществом Архангельско-Мурманского срочного пароходства было организовано движение пароходов на линиях их Архангельска в Соловецкий монастырь, Онегу, Суму, Сороку, Кемь, Кереть, Ковду и Кандалакшу. В 1880-1890-х гг. также действуют линии пароходов Соловецкого монастыря из Архангельска на Соловки через Сумский посад. В 1980-1910-х гг. на Онежском озере действуют грузопассажирские линии Петрозаводск-Санкт-Петербург, Петрозаводск-Вытегра, Петрозаводск-Вознесенье — Пудож-Подпорожьем — Повенец, Петрозаводск-Кондопога-Уница Онежского, Петербургско-Петрозаводского, Петербурско-Волжского, Вознесенского пароходных обществ, а также пароходства купца Чертова. На ладожском озере действуют линии на Валаам и Сортавала. В 1915—1916 гг. в связи со строительством Мурманской железной дороги были построены грузовые порты Кемь и Сорока.
На территории архангельского порта находятся 3 грузовых района: аванпорты Экономия и Бакарица (Морской торговый порт) и Морской речной порт (пассажирский). Через последний осуществляются рейсы на острова в черте города, а также на Соловки и другие населённые пункты. В будущем планируется развитие глубоководного порта Бакарица, уже началось углубление дна Северной Двины.