1. Навигационный сбор взимается за вход в порт и выход судна из порта или проход акватории порта транзитом. Для судов, проходящих акваторию порта транзитом, установлена ставка - навигационный сбор (СУДС).
2. Грузовые суда при погрузке или выгрузке в нескольких морских портах России в течение одного рейса навигационный сбор оплачивают в первом порту захода полностью, в последующих портах - с применением коэффициента 0,5 к установленным ставкам.
3. Пассажирские суда навигационный сбор оплачивают в каждом порту захода один раз в течение календарного года по ставке навигационного сбора при первом входе в порт и выходе из порта. Начиная со второго захода в порт, пассажирские суда навигационный сбор оплачивают по ставке навигационного сбора (СУДС) за каждый вход в порт и выход судна из порта.
4. Для грузовых судов, работающих на линиях, открытых в установленном порядке, к ставкам навигационного сбора применяется коэффициент 0,8.