Капитан судна и другие члены экипажа судна подчиняются распоряжениям судовладельца, относящимся к управлению судном, в том числе к судовождению, внутреннему распорядку на судне и составу экипажа судна.
Капитан является руководителем экипажа судна, отвечающим за его безопасность, жизнь находящихся на нем людей и перевозимый груз. Управление судном и руководство его экипажем капитан осуществляет на основе единоначалия, подчиняясь непосредственно судовладельцу, в подчинении которого находится судно. Все указания, приказы и распоряжения, относящиеся к внутреннему распорядку судна, отдаются только капитану, который отвечает за их выполнение.
Присутствие на борту судна судовладельца не освобождает капитана от ответственности за судно и выполнения своих обязанностей. Экипаж обязан обеспечить эффективную техническую эксплуатацию судна, всех его механизмов, устройств и систем, безопасное плавание и выполнение поставленных задач фрахтователем. Капитан организовывает труд и подготовку экипажа с соблюдением требований законодательства Российской Федерации, международных, национальных и местных правил по безопасности мореплавания и предотвращению загрязнения морской среды.
Экипаж в лице судовладельца обязан привести судно в мореходное состояние к моменту его передачи фрахтователю – принять меры по обеспечению годности судна (его корпуса, двигателя и оборудования) для целей фрахтования, предусмотренных тайм-чартером, надлежащему снаряжению судна.
Экипаж также обязан в течение срока действия тайм-чартера поддерживать судно в мореходном состоянии, судовладелец должен оплачивать расходы на страхование судна и своей ответственности, а также на содержание членов экипажа судна. Фрахтователь, в свою очередь, обязан пользоваться судном и услугами членов его экипажа в соответствии с целями и условиями их предоставления, определенными тайм-чартером.
Для капитана судна и других членов экипажа судна обязательны распоряжения фрахтователя, касающиеся коммерческой эксплуатации судна. Капитан и экипаж обязаны своевременно предъявлять судно и его технические средства к проверкам органами надзора, поддерживать на судне установленные запасы и табельную комплектность имущества, организовать своевременное расследование любого аварийного происшествия, связанного с эксплуатацией судна и повлекшего его повреждение или повреждение объектов морской инфраструктуры, принимать меры по их предотвращению.
До и по прибытии в порт офицеры и команда судна должны по требованию фрахтователя обеспечить готовность люков судна, кранов, стрел и трапов, чтобы начать погрузку и выгрузку без задержки. Открытия и закрытия люковых крышек должны производиться командой без оплаты фрахтователем.
Услуги офицеров и команды, в том числе и сверхурочные, включают исполнение требований подъема и опускания грузовых стрел, открытие и закрытие люков, подготовку люков, кранов и трюмов к немедленному началу грузовых операций по прибытии к причалу или другому месту погрузки, зачистку трюмов, включая подготовку и укладку сепарации и крепежного материала.
Капитан судна находящегося в тайм-чартере находится в двойном подчинении. Он остается представителем судовладельца перед портовыми властями, фрахтователем, другими лицами и сохраняет трудовые отношения с судовладельцем. Вместе с тем, в коммерческой эксплуатации судна капитан руководствуется указаниями и инструкциями фрахтователя и является его представителем перед грузоотправителем, грузополучателем, стивидорными компаниями и фрахтователем, если судно зафрахтовано в рейсовый чартер, или в субаренду.
Основные обязанности капитана заключены в выполнении рейса в интересах фрахтователя с обычной скоростью и надлежащей добросовестностью в судовождении, привлекая для этого экипаж в пределах обычных функциональных обязанностей каждого члена команды. Экипаж полностью выполняет инструкции фрахтователя, принимая все необходимые меры к сокращению времени рейса, обеспечению сохранности груза, уменьшению стояночных расходов.
Капитан должен всемерно защищать интересы своего судовладельца в части безопасности судна, его технической эксплуатации, а также контроля за выполнением фрахтователем всех условий тайм-чартера, включая своевременное поступление арендной платы. Также он должен заявлять во всех необходимых случаях (предъявление опасного груза, направление судна в небезопасный порт, задержка в оплате очередного взноса арендной платы, нанесение ущерба судну) письменный морской протест фрахтователю, информировать судовладельца и действовать в соответствии с его указаниями.
Капитан судна действует на основе международных законов и нормативных документов страны флага судна в части внешних сношений и внутреннего распорядка на судне, подчиняясь фрахтователю. В вопросах коммерческой эксплуатации судна, при подписании грузовых и платежных документов вносить оговорку "от имени и по поручению фрахтователя..." особенно, если используются проформы судовладельца, в то же время являться его консультантом в вопросах технологии морских перевозок и хорошей морской практики при перевозке грузов. Если качество работы стивидоров не отвечает требованиям сохранной перевозки груза, капитан должен не позже, чем в течение 24 последовательных часов письменно известить об этом фрахтователя. Это исключает возможность претензии фрахтователя на отсутствие должной заботливости со стороны капитана и судовой администрации о грузе или обвинения их в недостаточной квалификации.
В современных проформах тайм-чартера оговаривается, что капитан обязан до выхода судна из порта вызвать сюрвейера и получить от него акт с описанием характера ущерба и стоимости необходимого ремонта и отчитаться перед фрахтователем.