Резервуар и источник инвазии — свиньи. Иногда балантидии колонизируют кишечник крыс, собак, обезьян, а также человека, которые могут быть дополнительными источниками инфекции. Период контагиозности может продолжаться в течение длительного времени (всей жизни у свиней).
Механизм передачи — фекально-оральный. Возбудитель попадает в ЖКТ человека в виде цист, иногда вегетативных форм, чаще с загрязнённой водой, а также с фруктами и овощами.
Естественная восприимчивость людей, по-видимому, невысокая.
Основные эпидемиологические признаки. Заболевание регистрируют относительно редко, однако инвазированность населения может быть довольно высокой. Так, в сельских районах инвазированы балантидиями 4-5% населения. Особенно часто инфицируются лица, контактирующие со свиньями — естественными резервуарами возбудителя. В очагах инфекции заражение может происходить контактно-бытовым путём. Заболеваемость, как правило, отмечают на спорадическом уровне.