Биоэкология бірнеше зерттеу облыстарына бөлінеді: аутэкология, демэкология, эйдэкология, синэкология және т.б.
Аутэкология – жеке организмдер арасындағы қарым-қатынастарды, оның табиғи ортасымен байланыстыра отырып зерттеулер жүргізеді.
Демэкология – бір түрге жататын организмдер тобын, яғни популяцияларды оның табиғи ортасымен байланыстыра отырып зерттеулер жүргізеді.
Эйдэкология – түр мен оның популяцияларын органикалық дүние дамуының жоғары деңгейін немесе эйдэкология, особь, популяция, түр, биоценоз, биогеоценоз (экожүйе) – биосфера деңгейіндегі қарым-қатынастар жүйесі бойынша зерттеулер жүргізеді.
Синэкология – бірлестіктер экологиясы (биоценология) ретінде әр түрлі түрлерге жататын плпуляциялар (өсімдіктер, жануарлар, микроорганизмдер) жиынтығын біртұтас организмдер деңгейінде зерттейді.
Геоэкология – экологиялық жүйелерді биосфералық деңгейде қарастырады. Құрлық пен дүниежүзілік мұхиттардағы экожүйелер, ондағы қарым-қатынастар мен байланыстар, географиялық ландшафттар бойынша экожүйелердің құрылымы, бірлестіктері, тұрақтылығы, кеңістік пен уақытқа қатысты өзгеруін зерттейді.
Ғаламдық экология – табиғи және табиғи іс-әрекеттерінен туындайтын биосфера шегіндегі, тіпті күн жүйесіндегі әлемдік өзгерістер мен құбылыстарды зерттейді. Мәселен, ядролық қауіп-қатер, экологиялық апаттар, әлемнің климаттық ауытқуы, шөлейттену, жаппай қырып жоятын қарулар, қатерлі эпидемиялар т.б.