Қазіргітаңда экология ғылымы зерттелетін обьектілердің ерекшеліктеріне, әдістеріне байланысты бірнеше бөлімдерден тұрады:Аутэкология (грекше autos - өзім) – жеке организмдердің қоршаған ортамен қарым-қатынасын зерттейтін экология бөлімі. Аутэкология ұғымын алғаш рет 1896 жылы Шретер особьтар экологиясы үшін қолданды. Аутэкология алдымен организмдердің (особьтардың) өлі материядан айырмашылығын: зат алмасу, көбею, өзгергіштік және тұқым қуалаушылық, өсуі мен дамуы, тітіргенгіштігі, қозғалысы және бейімделушілік қасиеттері бар тіршілік иелері ретінде қарастырады. Аутэкологияның міндеті – түрлердің алуан түрлі экологиялық жағдайларға (ылғал, жоғары және төменгі температураға, ортаның тұздылығы) физиологиялық, морфологиялық және т.б. бейімделуін анықтау. Соңғы жылдары аутэкологияда жаңа бағыт - орта ластануының әсеріне организмнің жауап қайтару тетіктерін қоса зерттеу пайда болды.Демэкология(грекше demos - халық) немесе популяциялар экологиясы – қоршаған орта факторларының популяцияға әсерін, популяция санының өзгеруін зерттейді. Бір түрге жататын организмдердің топ құрып тіршілік ету ерекшеліктері, биологиялық құрылымы (жас, жыныс, көбею, өлу, табиғаттағы саны, тығыздығы, таралуы және т.б.) табиғаттағы сан мөлшерінің реттелуі мен ауыл шаруашылығындағы маңызы туралы мәліметтерді қарастырады. Эйдэкология(грекше eidos – түр) – түр мен оның популяцияларын органикалық дүние дамуының жоғары деңгейі тұрғысында қарастырады. Өйткені особь, популяция белгілі бір нақты түрлердің өкілдері. Сондықтан эйдэкология – особь, популяция, түр, биоценоз, биогеоценоз (экожүйе), биосфера деңгейіндегі қарым-қатынастар туралы зерттеулер жүргізеді.Синэкология(грекше syn – бірге) немесе қауымдастықтар экологиясы (биоценология) – биоценоз түзетін әр түрге жататын өсімдіктер, жануарлар және микроорганизмдер популяцияларын, олардың түзілуін, дамуын, құрылымын, өзгеруін және қоршаған ортамен қарым-қатынасын зерттейді. Осы бағыттардың негізінде жаңа, жалпы биосфераның мәселелерін қарастыратын - ғаламдық экология, қоғам мен табиғаттың қарым-қатынастары мәселелерін қарастыратын - әлеуметтік экология сияқты бағыттар пайда болды.