Қазақстан халқының қауіпсіздігі үшін негізгі экологиялық проблемалар су ресурсын пайдалануға, радиация әсеріне және қалдықтарға байланысты. Арал теңізі негізгі экологиялық катастрофа және әлеуметтік-экономикалық проблема эпицентрі ретінде болып отыр. Сумен қамтамасыз ету және оның сапасы Қазақстанда алаңдатушылық туғызуда және орнықты даму үшін Ұлттық жоспарда қоршаған ортаны қорғаудың негізгі бағыттарының бірі. Сәулеленуге ұшырау мәселелері Қазақстан территориясында бұрынғы Одақтың ядролық полигондардың болуына байланысты. Сондай-ақ тазаланбаған өнеркәсіп қалдықтарының көптеп бөлінуі де үлкен экологиялық проблемалар туғызуда.
Сонымен қатар жер мен лагдшафтардың деградацияға ұшырауы (республиканың 60%-дан астам жері шөлейттенуге ұшыраған), су ресурстарының жетіспеуі (сумен қамтамасыз жөнінде Қазақстан ТМД елдерінің ішінде соңғы орында), елдегі су айдындарының экологиялық мәселелері, елді мекендердегі атмосфералық ауа мен топырақтың ластануы, биологиялық әралуандылықтың азаюы да өзекті болып отыр.