Организмы, по которым можно определить тип физической среды, где они росли и развивались, являются индикаторами среды. Например, галофиты. Адаптируясь к засолению, они приобретают определенные морфологические признаки, по которым можно определить, что данная почва засолена, даже примерную степень засоления.
Это касается не только галофитов, но и жизненных форм растений относительно влаги (гигрофиты, ксерофиты и т.д.). Широко известно применение геоботанических методов для поисков полезных ископаемых по растениям-индикаторам, которые способны накапливать в себе химические элементы полезного ископаемого и т.п.
По организмам-индикаторам можно судить, например, о загрязнении среды: исчезновение лишайников на столах деревьев свидетельствует об увеличении содержания сернистого газа в воздухе; качественный и количественный составы фитопланктона свидетельствует о степени загрязнения водной среды и т. п.