Структура и функции сообществ рассматривались главным образом на примерах наземных биоценозов. Однако между наземными и водными биоценозами, несмотря на сходное проявление основных закономерностей, имеются различия, обусловленные разным характером окружающей среды.
1. Структура водных биоценозов проще наземных. Это объясняется тем, что во многих водных, прежде всего в глубоководных биоценозах нет атмосферы и почвы.
2. В водных биоценозах преобладают низшие растения и в первую очередь водоросли. Животное население представлено чрезвычайно широко, но высшие членистоногие и высшие позвоночные имеют здесь второстепенное значение.
3. На организмы водных биоценозов воздействуют такие факторы среды как температура, газовый режим, растворенные и взвешенные в среде вещества (табл. 6). При изучении наземных биогеоценозов, прежде всего, приходится исследовать влажность и температуру среды.
Таблица 6 - Условия обитания организмов воздушной и водной среды
| Условия обитания | Значение условий для организмов | |
| воздушной среды | водной среды | |
| Влажность | Очень важное (часто в дефиците) | Не имеет (всегда в избытке) |
| Плотность среды | Незначительное (за исключением почвы) | Большое по сравнению с ее ролью для обитателей воздушной среды |
| Давление | Почти не имеет | Большое (может достигать 1000 атмосфер) |
| Температура | Существенное (колеблется в очень больших пределах (от -80 до +1000С и более)) | Меньше по сравнению со значением для обитателей воздушной среды (колебания гораздо меньше, обычно от -2 до +400С) |
| Кислород | Несущественное (большей частью в избытке) | Существенное (часто в дефиците) |
| Взвешенные вещества | не важное; не используются в пищу (главным образом минеральные) | Важное(источник пищи, особенно органические вещества) |
| Растворенные вещества в окружающей среде | В некоторой степени (имеют значение только в почвенных растворах) | Важное (в определенном количестве необходимы) |
4. В водной среде иначе складываются трофические связи. Здесь важнейшим источником пищи служат взвешивание в толще воды вещества и обитатели планктона, а так же детрит (полностью разложившиеся продукты распада организмов). В наземных сообществах преобладают фиотфагия и зоофагия.