Ефективним засобом боротьби з цвілими грибами є провітрювання відсіків літального апарата, що уражаються. Потік повітря, навіть зі значною відносною вологістю, сушить матеріали, механічно порушує зростання спор і ушкоджує плодові тіла.
До досить ефективних профілактичних мір боротьби з цвіллю відносять видалення пилу протиранням чи обдувом струменем стиснутого повітря, періодичний прогрів елементів ПС, опромінення їх сонячним світлом.
Для хімічного захисту матеріалів від цвілих грибів іноді застосовують отруйні речовини – фунгіциди, які можуть бути органічними, неорганічними і металоорганічними. Незважаючи на досить високі захисні властивості фунгіцидів, їхнє застосування ускладнене, тому що ці речовини мають різкий неприємний запах, токсичні, досить швидко випаровуються, вивітрюються, вимиваються з поверхні, що захищається, і викликають корозію дотичних з ними металевих частин, погіршують функціональні властивості ізоляційних матеріалів електропроводки. Відомі в даний час фунгіциди не мають універсальної захисної дії стосовно декількох видів цвілі і тому не знаходять широкого застосування.
Для захисту від мікробіологічних пошкоджень металевих поверхонь ПС, які мають лакофарбове покриття, доцільно в процесі виробництва (ремонту) ПС, призначених для експлуатації в тропіках, використовувати біоцидну полімерну присадку на основі оловоорганічних з'єднань. Вона добре сполучається з більшістю лакофарбових покрить і не викликає хімічної корозії металевої поверхні, що захищається. Для лакофарбових композицій на основі поліуретанів, з якими біоцидна присадка не сполучається, рекомендується застосовувати біостійкі лаки, що володіють універсальною захисною дією стосовно більшості шкідливих факторів тропічного клімату. Як показує досвід експлуатації техніки в тропічних умовах, присадки і лаки на основі оловоорганічниих з'єднань полімерів мають високу надійність і тривалість захисної дії від усіх видів мікробіологічного впливу, не токсичні.
Гарним засобом боротьби з мікроорганізмами в паливі є спеціальні присадки, що розчиняються, на основі монометилового ефіру, бороорганічних з'єднань чи гліцерину. Крім того, рідина “І”, що додається в паливо для запобігання утворення в ньому кристалів льоду, також ефективно діє проти мікроорганізмів.
Оскільки мікроорганізми поселяються і розмножуються переважно на межі розділу палива і відстою води, доцільно періодично зливати відстій з паливних баків через короткі проміжки часу.