Одним из важнейших элементов бюджетного федерализма является законодательно закрепленное обеспечение действия системы межбюджетных отношений. С этой целью создаётся жёсткая вертикаль унифицированных отношений между уровнями бюджетной системы. Устанавливается принцип равенства бюджетных прав субъектов РФ и муниципальных образований, который запрещает устанавливать не соответствующие Бюджетному Кодексу взаимоотношения между органами государственной власти и местного самоуправления. Происходит строгая регламентация, в соответствии с Бюджетным Кодексом, единых отчислений от федеральных, региональных, налоговых доходов для всей бюджетной системы.