Система бухгалтерського обліку у бюджетній сфері має ряд особливостей. Якщо фінансові операції суб'єктів господарювання спрямовані на отримання прибутку, то у фінансових операціях, здійснюваних державою, домінує ідея надання державних послуг. З цих позицій:
сума доходів важлива лише тією мірою, якою вона є джерелом покриття видатків;
видатки здійснюються в загальнодержавних інтересах і, в основному, не оцінюються з точки зору фінансової рентабельності.
Бюджетні операції здійснюються у межах бюджетних призначень, встановлених законодавством України, тому їх виконання віддзеркалюється у бухгалтерському обліку відповідно до щорічного Закону про Державний бюджет України.
Бухгалтерський облік з виконання бюджетів відзначається також певною складністю, що пояснюється великою кількістю учасників бюджетного процесу, різноманітністю операцій, великою кількістю зв'язків. Він обробляє масові результати (отримання податків та здійснення платежів), одночасно забезпечуючи принцип касової єдності та консолідації бюджетних рахунків.
Наявна нині система бухгалтерського обліку виконання державного та місцевих бюджетів побудована з урахуванням усіх необхідних змін з дотриманням міжнародних принципів і вимог щодо здійснення бухгалтерського обліку і фінансової звітності. Найголовнішими серед них є такі принципи:
законність - відповідність правилам та процедурам, що передбачені законодавчими та нормативними актами;
правильність - сумлінне застосування правил та процедур;
достовірність - правдиве відображення у бухгалтерській звітності фінансових операцій, проведених учасниками бюджетного процесу, з дотриманням вимог відповідних нормативних актів;
суттєвість (доречність) - корисність інформації для підготовки та прийняття економічних рішень; інформація є суттєвою, якщо її відсутність або перекручення може вплинути на рішення користувачів інформації;
безперервність - оцінка активів здійснюється, виходячи з того, що процес виконання бюджетів є постійним;
повнота бухгалтерського обліку - всі операції по виконанню бюджетів в органах Державного казначейства підлягають реєстрації на рахунках бухгалтерського обліку без будь-яких винятків;
дата операції — операції по виконанню бюджетів реєструються в бухгалтерському обліку в момент проведення відповідних платежів, що відповідає касовому методу ведення бухгалтерського обліку;
прийнятність вхідного балансу - залишки за рахунками на початок поточного звітного періоду мають відповідати залишкам за станом на кінець попереднього звітного періоду;
обережність - обґрунтована, розсудлива оцінка фактів;
незалежність — відокремленість фінансових бюджетних років (звітних періодів);
сталість - незмінність методів бухгалтерського обліку, крім випадків істотних змін у діяльності або в правовій базі. У такому разі має бути забезпечена порівнянність зі звітами за минулі періоди;
відкритість - інформація, що включається до бухгалтерського обліку та звітності, має бути достатньо зрозумілою і детальною, щоб уникнути двозначності, правдиво відображати операції з необхідними поясненнями в записках. Звітність має бути чітко викладена і зрозуміла для користувачів;
порівнянність - можливість визначення тенденцій виконання бюджету через порівняння інформації, що міститься у бухгалтерському обліку і звітності, за певний період часу;
превалювання сутності над формою - відображення операцій відповідно до їх економічної суті, а не за юридичною формою; узагальнення інформації має здійснюватися не тільки за юридичними нормами, але й відповідно до її економічної ефективності;
своєчасність - забезпечення своєчасною інформацією органів законодавчої та виконавчої влади, які приймають рішення, здійснюють оцінку виконання бюджету, готують пропозиції щодо складання бюджету тощо та інших користувачів;
консолідація — складання зведеної фінансової звітності про виконання бюджетів в цілому по системі Державного казначейства України з урахуванням підвідомчих управлінь та відділень в розрізі бюджетів, за винятком залишків за внутрісистемними розрахунками.