Федеральные службы России и федеральные агентства осуществляют специальные (исполнительные, контрольные, разрешительные, регулирующие и др.) функции в установленных сферах ведения. Федеральную службу возглавляет руководитель федеральной службы, агентство — генеральный директор федерального агентства. Федеральные службы и агентства могут непосредственно быть подчинены Президенту РФ, Правительству РФ или входить в состав министерств.
Назначение на должность и освобождение от должности руководителей федеральных служб и федеральных агентств осуществляются Правительством РФ. Руководители федеральных служб и федеральных агентств, подведомственных Президенту РФ, назначаются на должность и освобождаются от должности в особо устанавливаемом порядке.
Постановлениями Правительства РФ устанавливаются предельная численность аппарата министерств в центре и по территориям, фонд оплаты труда, количественный состав коллегии, число заместителей министра, в том числе первых.
Определяется количество высших и главных должностей государственных служащих в федеральных органах исполнительной власти. Количество ведущих должностей государственных служащих должно составлять не более 10%, старших — 40% общей численности работников этих органов. Штатная численность департамента не может быть менее 35 единиц, управления — менее 20, отдела — менее 10, отдела в составе департамента (управления) — не менее 5 единиц. В департаменте и управлении не может быть менее трех отделов.
Федеральные органы исполнительной власти для осуществления полномочий могут создавать свои территориальные органы и назначать соответствующих должностных лиц. Они могут также передавать органам исполнительной власти субъектов РФ осуществление части своих полномочий, если это не противоречит Конституции РФ и федеральным законам. В свою очередь, органы исполнительной власти субъектов РФ по соглашению с федеральными органами исполнительной власти могут передавать им осуществление части своих полномочий.
В связи с массовой приватизацией организационная структура федеральных министерств и ведомств претерпела существенные изменения. Одни ведомства оказались ненужными, другие появились заново, на базе некоторых образовались частные или получастные управленческие структуры. Тем не менее, общее их количество (около 70) возросло по сравнению с 1991 г.
Министерства и ведомства не имеют полномочий вмешиваться ни в производственную, ни в финансовую деятельность предприятий, если они не находятся в федеральной государственной собственности. Они перестают быть «штабами отрасли», участниками хозяйственной деятельности и сосредоточиваются на разработке научно-технической, инновационной политики в своих отраслях.