За последние 10—15 лет число морских торговых судов под флагом России сократилось в пять раз. Судовладельцы контролируют около 920 морских транспортных судов общим дейдвейтом 11,2 млн т, из них под флагом России ходят 730, причем на суда под чужими флагами приходится 60% общего тоннажа частного торгового флота. Государство имеет 230 судов с дейдвейтом, который в 1,5 раза больше, чем у частных компаний. Под флагом России ходят малотоннажные суда, выполняющие каботажные (внутренние) перевозки.
Прежде морской торговый флот обеспечивал 65% внешнеторговых перевозок, сейчас — 6%. Кроме того, Россия потеряла почти все позиции на основных 24 маршрутах, обслуживаемых СССР.
Торговый флот СССР имел 16 пароходств, в России их осталось 11.
Оставшиеся суда стремительно стареют, а новые практически не строят ни государство, ни частные фирмы. Верфи России могут теперь строить гражданские суда водоизмещением до 20 тыс. т. Построенные на зарубежных верфях на деньги западных кредиторов суда не приписываются к портам России из-за высокого уровня налогообложения и возражений кредиторов (банк до момента возвращения кредита является собственником судна и регистрирует его под удобным для себя флагом).
Отечественные порты уже не могут обеспечить перевалку всех предъявляемых к перевозке морем грузов, внешнеторговые грузы перерабатываются в портах сопредельных государств; экспортеры из России платят за это до 2 млрд долл. в год.
В России самая протяженная в мире речная сеть, однако речной транспорт утратил свое значение, им перевозится 4% всех грузов (в Германии — 19%, Бельгии — 10%).