Проведение региональной политики требует соответствующих организационных форм, учитывая, что в Российской Федерации утвердились три независимых друг от друга уровня власти. Территориальные органы федеральных органов исполнительной власти не представляют все ветви федеральной власти, являясь ведомственными органами по определению. Действовавшие в течение почти 10 лет представители Президента РФ в субъектах РФ ничем себя не проявили, и мало кто знал, об их существовании.
В результате произошло ослабление федеральной власти на местах, во многих регионах сложились замкнутые режимы, что подтачивало политическое и экономическое единство страны, питало региональный сепаратизм в различных формах его проявления. Например, правовой сепаратизм привел к принятию субъектами РФ около 30% нормативных правовых актов, противоречащих Конституции РФ и федеральным законам. Многие губернаторы контролировали местные СМИ и придавали политической жизни одностороннее направление.
Между тем Центр не в меньшей степени отвечает за развитие любого региона и не может допускать бесконтрольности, формирования внесистемных центров управления, своеобразного федерального и регионального двоевластия.