При поверхневому культивуванні стерилізують все обладнання, пов’язане з приготуванням посівного матеріалу – ємності для засіву, кювети, ємності для води, для приготування посівної суспензії, посівні комунікації, а також виробничі кювети.
При глибинному культивуванні велику увагу приділяють герметичності обладнання і комунікацій. Ферментатор з комунікаціями стерилізують гострою парою при 120оС, надалі охолоджують до 60-80оС. Стерильне охолоджене живильне середовище передають у ферментатор при цій температурі та надлишковому тиску в апараті 0,04-0,06 МПа для забезпечення герметичності.
В обох випадках використовують такі умови стерилізації обладнання і комунікацій:
o кювети і скляний посуд у посівному відділенні – нагрівання до 160оС і витримування протягом 60 хв;
o середовища, обладнання, комунікації – гострою або глухою парою;
o приміщення – опромінення бактерицидними лампами;
o поверхні столів, штуцери посівних апаратів, руки працівників – обробка етиловим спиртом.