Тривалий контакт дріжджів з середовищем погіршує їх якість, при цьому знижуються підіймальна сила дріжджів і їх стійкість при зберіганні, тому після дозрівання дріжджі необхідно якнайшвидше виділити з культурального середовища.
Виділення дріжджів відбувається в дві стадії: спочатку в сепараторах отримують дріжджове молоко, а потім фільтруванням або пресуванням отримують пастоподібну масу з вологістю 75%.
Оптимальною є триступінчата сепарація, що забезпечує найвищу якість дріжджів. При цьому відділення дріжджів від середовища, промивання і згущування ведуть на різних сепараторах.
У першому сепараторі відбувається розділення дріжджової суспензії на дріжджовий концентрат і брагу. Отриманий дріжджовий концентрат змішується в проміжній ємності з холодною водою і подається на другий сепаратор для відділення дріжджів від промивної води. Далі дріжджі повторно промивають холодною водою в другій проміжній ємності, після чого їх насосом подають на третій сепаратор для згущування до концентрації 450-700 г/дм3. Для зниження температури до 4-8оС дріжджове молоко пропускають через пластинчастий теплообмінний апарат, а потім направляють в ємність.
Для отримання дріжджів стабільно високої якості оптимальними є такі параметри сепарації: температура промивної води не більше 2оС і тривалість процесу не більше 2 год. Холодна вода сприяє швидкому зниженню температури від 30-32оС до 20-25оC – після першого сепаратора, 11-15оС – після другого і 6-8оС – після третього.
Дріжджове молоко (напівфабрикат дріжджового виробництва) іноді відпускають хлібозаводам як товарну продукцію, виключаючи з технологічного процесу ряд трудомістких операцій: виділення, фасування і упаковку на дріжджових заводах, розгортання брикетів і приготування суспензії на хлібозаводах. Це також дозволяє економити тару і зменшити витрати на навантажувально-розвантажувальні роботи.
Товарне дріжджове молоко є водною суспензією сіруватого з жовтим відтінком кольору, з шаром дріжджових клітин, що осідає на дно при відстоюванні, з властивим дріжджовим запахом. Концентрація дріжджів в перерахунку на пресовані не менше 450 г/дм3, підіймальна сила не більше 75 хв.
Остаточне виділення дріжджів з дріжджового молока відбувається на вакуум-фільтрах, а на деяких підприємствах – на фільтрпресах. Вакуум-фільтри мають велику продуктивність, забезпечують кращі санітарні умови праці, зменшують затрати ручної праці. Барабан вакуум-фільтра обтягнутий фільтрувальною тканиною, обертається на горизонтальній осі і занурений нижньою частиною в ємність з дріжджовим концентратом. Фільтрат відсмоктується за рахунок створення вакууму, а дріжджі щільним шаром збираються на фільтрувальній тканині. Шар дріжджів промивається водою і безперервно зчищається з поверхні барабана спеціальним ножем. Найефективніше обробляти охолоджене до 2-8оС дріжджове молоко, яке містить не менше 600 г/л. Зневоднені на фільтрі дріжджі, що містять 25-29% сухих речовин, направляють в приймальний бункер пресованих дріжджів.
Для надання пресованій масі необхідної консистенції дріжджі зволожують, додаючи деяку кількість води (до 10%), або для надання еластичності додають рослинне масло (0,1%). Після перемішування дріжджі направляють на пакувально-фасувальні автомати, які надають дріжджовій масі вигляду прямокутних брусків і завертають їх в папір. Фасовану продукцію укладають в спеціальну тару: полімерні, картонні або дерев’яні ящики. Ящики повинні бути чистими, сухими, без стороннього запаху.
Відразу після укладання і фасування в ящики дріжджі направляють в холодильні камери, де їх зберігають при температурі 1-4оС і відносній вологості 82-96%.
Хлібопекарські пресовані дріжджі повинні мати світло-жовтий колір, щільну консистенцію, легко розламуватися, мати властивий дріжджам запах. За фізико-хімічними показниками дріжджі повинні відповідати таким нормам: вологість не більше 75%, підіймальна сила не більше 70 хв, кислотність (у перерахунку на оцтову кислоту) не більше 120 мг/100 г дріжджів в день їх виготовлення і 360 мг/100 г дріжджів через 12 діб зберігання. Стійкість дріжджів при температурі зберігання 35оС не менше 48 год.