Постепенно складываются и новые формы взаимодействия муниципальных органов: создание совместных временных и постоянных рабочих органов; совместная разработка и реализация планов и программ. В целях координации усилий по защите прав органов местного самоуправления и повышения эффективности взаимодействия с органами государственной власти муниципальные образования объединяются в союзы и ассоциации. За последние годы в России созданы общероссийские, межрегиональные и региональные специализированные объединения муниципальных образований. Многие положительные результаты, достигнутые в ходе муниципальной реформы, в немалой степени явились следствием совместной работы таких объединений.
По инициативе союзов и ассоциаций муниципальных образований учрежден Конгресс муниципальных образований Российской Федерации — единая общенациональная организация, представляющая интересы всех муниципальных образований при взаимодействии с федеральными органами государственной власти, а также с зарубежными и международными организациями, занимающимися вопросами местного самоуправления. Создан и действует Совет по местному самоуправлению в Российской Федерации — федеральный координационный центр при Президенте Российской Федерации, обеспечивающий рассмотрение важнейших вопросов развития местного самоуправления и подготовку соответствующих предложений Президенту Российской Федерации.