Структуру военной прокуратуры составляют:
1. Главная военная прокуратура; прокуратуры военных округов, групп войск, флотов, прокуратура Ракетных войск стратегического назначения, прокуратура Федеральной пограничной службы Российской Федерации и прокуратуры других войск, приравненные к прокуратурам субъектов Российской Федерации; прокуратуры гарнизонов, объединений и соединений, приравненные к прокуратурам городов и районов (далее - органы военной прокуратуры).
2. Органы военной прокуратуры возглавляет заместитель Генерального прокурора Российской Федерации - Главный военный прокурор.
3. Структуру и штаты органов военной прокуратуры устанавливает Генеральный прокурор Российской Федерации.
4. Свои полномочия органы военной прокуратуры осуществляют в Вооруженных Силах Российской Федерации, других войсках и воинских формированиях, созданных в соответствии с федеральными законами.
Полномочия военных прокуроров:
Главный военный прокурор и подчиненные ему прокуроры обладают в пределах своей компетенции полномочиями, установленными настоящим Федеральным законом, и осуществляют их независимо от командования и органов военного управления в соответствии с законодательством Российской Федерации.
Военные прокуроры также вправе:
участвовать в заседаниях коллегий, военных советов, служебных совещаниях органов военного управления; назначать вневедомственные ревизии и проверки, затраты на
проведение которых возмещаются по постановлению прокурора органами военного управления, где состоят на довольствии проверяемые воинские части и учреждения; требовать обеспечения охраны, содержания и конвоирования лиц, находящихся на войсковых и гарнизонных гауптвахтах, в иных местах содержания задержанных и заключенных под стражу, соответственно воинскими частями, военными комендантами, караулами по конвоированию внутренних войск, органами и учреждениями внутренних дел; немедленно освобождать из гауптвахт, иных мест содержания задержанных и заключенных под стражу лиц, незаконно там находящихся.
Кадры органов военной прокуратуры:
1. На должности военных прокуроров и следователей назначаются офицеры, проходящие военную службу по контракту или призыву и отвечающие требованиям Федерального закона.
2. По решению Генерального прокурора Российской Федерации или с его согласия на должности военных прокуроров и следователей могут быть назначены гражданские лица.
3. Заместитель Генерального прокурора Российской Федерации - Главный военный прокурор назначается на должность сроком на пять лет. Главный военный прокурор подчинен и подотчетен Генеральному прокурору Российской Федерации.
4. Военные прокуроры назначаются на должность сроком на пять лет и освобождаются от должности Генеральным прокурором Российской Федерации, подчинены и подотчетны вышестоящим прокурорам и Генеральному прокурору Российской Федерации.
5. Заместители Главного военного прокурора, начальники управлений и отделов Главной военной прокуратуры и их заместители, а также заместители прокуроров военных округов, групп войск, флотов, приравненных к ним прокуроров назначаются на должность и освобождаются от должности Генеральным прокурором Российской Федерации.