Под специализированными прокуратурами, приравненными к прокуратуре субъекта Российской Федерации, подразумеваются транспортные, природоохранные и другие прокуратуры, которые не являются главными.
Прокуроры специализированных прокуратур назначаются на должность и освобождаются от должности Генеральным прокурором Российской Федерации.
Они подчинены и подотчетны вышестоящим прокурорам и Генеральному прокурору Российской Федерации.
Специализированные прокуратуры возглавляют соответствующие прокуроры, которые имеют первых заместителей и заместителей.
В специализированных прокуратурах образуются коллегии в составе прокурора, его первого заместителя и заместителей (по должности) и других прокурорских работников, назначаемых прокурором субъекта Российской Федерации.
В прокуратурах субъектов Российской Федерации, приравненных к ним военных и иных специализированных прокуратурах образуются управления и отделы (на правах управлений, в составе управлений).
Например, в авиатранспортной прокуратуре, принимаются жалобы от физических и юридических лиц РФ, СНГ и от иностранных граждан о всех происшествиях в аэропортах и на таможнях, а в прокуратуре метрополитена - исковые заявления принимаются от физических и юридических лиц РФ, СНГ и иностранных. Рассматриваются гражданские и уголовные дела, связанные с метро.