Третий уровень представляет Высший Арбитражный Суд Российской Федерации.
Структура арбитражных судов различного уровня определяется в зависимости от выполняемых ими функций и объема работы.
Федеральные арбитражные суды округов действуют в составе президиума федерального арбитражного суда округа, судебной коллегии по рассмотрению споров, вытекающих из гражданских и иных правоотношений, судебной коллегии по рассмотрению споров, возникающих из административных правоотношений. В некоторых судах созданы налоговые коллегии.
Президиумы федеральных арбитражных судов округов и арбитражных судов субъектов Российской Федерации по представлению их председателей утверждают членов судебных коллегий и председателей судебных составов соответствующего суда, рассматривают другие вопросы организации работы суда и вопросы судебной практики.