Директор-Николай Платонович Патрушев
Первый заместитель директора Статс-секретарь – заместитель директора 2 заместителя директора
5 заместителей в ранге руководителей департаментов: Департамент контрразведки
Управление компьютерной и информационной безопасности
Департамент по защите конституционного строя и борьбе с терроризмом
Управление по работе с регионами
Организационно-оперативное управление
Оперативно-розыскное управление
Управление по борьбе с терроризмом и политическим экстремизмом
Управление военной контрразведки
Департамент экономической
Департамент анализа, прогноза и стратегического планирования
Департамент по организационно-кадровой работе
Департамент обеспечения деятельности