Акты налоговых органов, действия или бездействие их должностных лиц могут быть обжалованы в вышестоящий налоговый орган (вышестоящему должностному лицу) или в суд. Так, например, налогоплательщик может обратиться с жалобой в суд или вышестоящий налоговый орган на бездействие должностного лица налогового органа по возврату или зачету излишне уплаченных или излишне взысканных сумм налогов, пеней и штрафов в порядке, предусмотренном НК РФ.
Подача жалобы в вышестоящий налоговый орган (вышестоящему должностному лицу) не исключает права на одновременную или последующую подачу аналогичной жалобы в суд. Судебное обжалование актов (в том числе нормативных) налоговых органов, действий или бездействия их должностных лиц организациями и индивидуальными предпринимателями производится путем подачи искового заявления в арбитражный суд в соответствии с арбитражным процессуальным законодательством. А судебное обжалование актов (в том числе нормативных) налоговых органов, действий или бездействия их должностных лиц физическими лицами, не являющимися индивидуальными предпринимателями, производится путем подачи искового заявления в суд общей юрисдикции в соответствии с законодательством об обжаловании в суд неправомерных действий государственных органов и должностных лиц.
Жалоба на акт налогового органа, действия или бездействие его должностного лица подается соответственно в вышестоящий налоговый орган или вышестоящему должностному лицу этого органа (ст. 139 НК РФ).
Кодекс устанавливает определенные требования к процедуре подачи жалобы. Жалоба в вышестоящий налоговый орган (вышестоящему должностному лицу) подается в течение трех месяцев со дня, когда налогоплательщик узнал или должен был узнать о нарушении своих прав. К жалобе могут быть приложены обосновывающие ее документы. В случае пропуска по уважительной причине срока подачи жалобы этот срок по заявлению лица, подающего жалобу, может быть восстановлен вышестоящим должностным лицом налогового органа или вышестоящим налоговым органом. Жалоба подается в письменной форме соответствующему налоговому органу или должностному лицу.