Организация исполнительной власти в федеративном государстве — сложный вопрос. Органы этой власти не могут составлять слишком жесткую вертикаль, ибо это ведет к фактическому унитаризму и парализует инициативу субъектов Федерации. Но исполнительная власть Федерации и субъектов не должны действовать разрозненно — в таком случае эффективность решения многих проблем будет затруднена.
Конституция (ч. 2 ст. 77) предусматривает создание единой системы исполнительной власти, состоящей из органов исполнительной власти Федерации и ее субъектов. Но эта система образуется только в пределах ведения Федерации и полномочий Федерации по предметам совместного ведения Федерации и ее субъектов. Следовательно, в этих пределах правительства и министерства субъектов РФ находятся в отношениях подчинения с Правительством РФ и соответствующими федеральными министерствами, в то время как по вопросам исключительных полномочий субъектов эти органы действуют независимо от федеральных органов.
Однако такая система органов исполнительной власти не исчерпывает всей проблемы организации исполнительной власти в Федерации. На территории субъектов Федерации федеральными органами исполнительной власти могут создаваться свои территориальные органы, в которые ими назначаются соответствующие должностные лица. Но эти органы создаются только для осуществления полномочий федеральной власти, а следовательно, полностью независимы от органов исполнительной власти субъектов Федерации. Такие органы на территории субъектов Федерации имеют, например, министерства обороны, иностранных дел, имущественных отношений и др.
Конституционный Суд РФ в постановлении от 7 июня 2000 года признал не противоречащим Конституции РФ положение, при котором законодательный (представительный) орган государственной власти субъекта РФ может принимать участие в согласовании назначения на должность руководителей территориальных органов федеральных органов исполнительной власти в случаях, предусмотренных федеральным законом, при условии, что на соответствующие территориальные органы федеральных органов исполнительной власти возлагается осуществление полномочий Российской Федерации по вопросам совместного ведения Российской Федерации и ее субъектов.
Конституция предусматривает возможность взаимных уступок полномочий со стороны федеральных органов как исполнительной власти, так и субъектов Федерации. Так, федеральные органы исполнительной власти по соглашению с соответствующими органами субъектов Федерации могут передавать им осуществление части своих полномочий. Такое же соглашение возможно и в отношении передачи федеральным органам осуществления части своих полномочий со стороны органов исполнительной власти субъектов Федерации. Как уже отмечалось, принципы и порядок заключения таких соглашений закреплены в Федеральном законе.
13 мая 2000 г. Указом Президента РФ были учреждены семь федеральных округов — Центральный, Северо-Западный. Южный, Приволжский, Уральский, Сибирский. Дальневосточный.
Тем же Указом утверждено Положение о полномочном представителе Президента РФ в федеральном округе По своей природе федеральный округ является административным образованием, охватывающим территорию нескольких субъектов РФ Создание округов не затрагивает конституционных основ федерализма и не ущемляет конституционно-правовой статус субъектов РФ. В рамках федерального округа организуется работа по реализации основных направлений внутренней и внешней политики государства, проводится контроль за исполнением решений федеральных органов государственной власти.
Создание федеральных округов призвано также содействовать обеспечению национальной безопасности, улучшению политического, социального и экономического положения в каждом округе. С помощью этой работы должны быть преодолены возникшая в связи с большими размерами территории России известная раздробленность государства и ослабление федерального влияния на решение проблем в субъектах РФ.
В пределах федерального округа Президента РФ представляет полномочный представитель, который является должностным лицом и федеральным государственным служащим, непосредственно подчиненным и подотчетным Президенту. Он назначается на должность и освобождается от должности Президентом и входит в состав Администрации Президента.
Полномочный представитель не наделен властными полномочиями, но он обеспечивает реализацию Президентом РФ своих конституционных полномочий. Отсюда его большие права и широкие организационные полномочия. Полномочный представитель обеспечивает координацию деятельности федеральных органов исполнительной власти, анализирует эффективность деятельности правоохранительных органов, организует взаимодействие федеральных органов с органами власти субъектов РФ, органами местного самоуправления, политическими партиями, общественными и религиозными объединениями. Он разрабатывает программы социально-экономического развития территорий, организует контроль за исполнением федеральных законов, указов и распоряжений Президента РФ, постановлений и распоряжений Правительства РФ, а в случае принятия субъектами РФ актов, противоречащих Конституции РФ, федеральным законам, вносит Президенту РФ предложения о приостановлении действия этих актов. Через полномочного представителя проходит согласование кандидатур для назначения на должности федеральных служащих, проектов федеральных решений, затрагивающих интересы субъектов РФ. Он организует проведение согласительных процедур для разрешения разногласий между органами государственной власти Федерации и субъектов РФ, принимает участие в работе органов государственной власти субъектов РФ, а также органов местного самоуправления, обладает рядом прав представительского характера. Такое положение полномочных представителей, хотя они тесно контактируют с руководителями государственных органов субъектов РФ, не нарушает самостоятельности последних, содействуя деловому сотрудничеству.
Непосредственное обеспечение деятельности полномочного представителя осуществляет аппарат, являющийся самостоятельным подразделением Администрации Президента РФ. Указом Президента РФ от 24 марта 2005 г. при полномочных представителях образованы советы с совещательными функциями и утверждено Положение о них.
Правительством РФ разработана схема размещения территориальных федеральных органов исполнительной власти. Окружные подразделения созданы Министерством внутренних дел, Федеральной службой безопасности, Генеральной прокуратурой и др.