Органы налоговой полиции РФ вправе совершать любые следственные действия, предусмотренные уголовно-процессуальным законодательством, исключительно при наличии уголовного дела, возбужденного по факту налогового преступления. В частности, сотрудники органов налоговой полиции, осуществляющие дознание и предварительное следствие, вправе выполнять выемку документов, проводить обыск и осмотр, назначать экспертизу, допрашивать лиц в качестве свидетелей, подозреваемых и обвиняемых и т.д.
Налоговая полиция вправе самостоятельно расследовать налоговые дела в полном объеме с передачей дела в суд. Подобные полномочия присущи органам налоговой полиции не только России, но и в некоторых других странах, например в Италии. Но в ряде стран принята иная точка зрения, согласно которой следственные полномочия полицейских должны быть ограничены с целью повышения объективности производства по делу. В Швеции все полномочия финансовой полиции сводятся к производству оперативно-розыскных мероприятий, а расследование выявленных налоговых преступлений ведут подразделения по борьбе с экономическими преступлениями иных правоохранительных органов. В Германии налоговая полиция земель передает уголовные дела для проведения окончательного расследования органам прокуратуры.