Юрисдикція системи військового судочинства має певні обмеження. Вона поширюється лише на вказані в Кодексі категорії осіб і лише протягом трьох років. Якщо обвинувачення не висунуто і судовий розгляд не розпочато протягом трьох років після вчинення порушення (за винятком окремо визначених випадків, наприклад, самовільної відсутності), воно виходить з-під військової юрисдикції за давністю часу і надалі має розглядатися цивільними судовими установами або не розглядатися взагалі. Крім того, певні правопорушення, вчинені військовослужбовцями на території Канади, в жодному разі не підпадають під військову юрисдикцію. Це, зокрема, навмисне або необережне вбивство, злочини на сексуальному грунті, викрадення дітей.
Якщо система військової юстиції втрачає свою юрисдикцію за давністю строку, з огляду на місце вчинення злочину або зміну у статусі відповідної особи, то можуть бути застосовані інші варіанти судового розгляду справи. Цивільна система карного судочинства Канади не має 3-річного обмеження у часі (максимальний строк ув'язнення за адміністративні правопорушення становить 6 місяців), тому справа, час розгляду якої вичерпано, може бути передана цивільним судовим установам. Саме вони мають виключну юрисдикцію у справах, пов'язаних з навмисним або необережним вбивством, сексуальними злочинами або викраденням дітей на території Канади. Якщо особа підпорядковується Кодексу військової дисципліни, але вчинила порушення за кордоном, а потім повернулася до Канади, то, хоч на неї вже не поширюється військова юрисдикція (внаслідок зміни її статусу), розділ 273 Закону про НО дозволяє цивільним судам провінцій розглядати це порушення таким чином, мовби його вчинено на території Канади.
На відміну від системи цивільного судочинства, військова поліція не висуває обвинувачень проти підозрюваного. Згідно з військовим законодавством виключне право вирішувати питання щодо обвинувачення має командир затриманого військовослужбовця. На практиці безпосередній командир звичайно передає це право командирові військової частини. Формулювання обвинувачення залежить від фактів та обставин подій. Як правило, в усіх випадках, крім найдрібніших службових порушень, у процесі формулювання обвинувачення бере участь військовий юрист.
Обвинувачення вважається висунутим, коли воно зафіксовано у протоколі обвинувачення, підписаному уповноваженою особою. Копія протоколу надається обвинуваченому одночасно з призначенням юридичного консультанта-офіце-ра, на якого покладається обов'язок допомагати обвинуваченому під час судового розгляду.
Серед тих, хто підпадає під дію Кодексу військової дисципліни, — військовослужбовці збройних сил Канади, які проходять регулярну службу, військовослужбовці запасу за певних визначених обставин (наприклад, під час навчань або на параді), а також певні категорії цивільних осіб, які за своїм статусом або за власною згодою належать до військової юрисдикції (наприклад, члени родин військовослужбовців на канадських військових базах у Німеччині). Справи цих категорій цивільних осіб можуть розглядати лише військові трибунали, а не дисциплінарні суди.
Існують два типи військових судів: дисциплінарні суди (summary trials), де справи розглядають безпосередньо командири або спеціально призначені офіцери, і військові трибунали (courts martial).