Систему Служби безпеки України складають
· Центральне управління Служби безпеки України,
· підпорядковані йому регіональні органи,
· органи військової контррозвідки,
· військові формування, а також
· навчальні, науково-дослідні та інші заклади Служби безпеки України.
Організаційна структура Служби безпеки України визначається Президентом України.
Центральне управління Служби безпеки України, інші органи та установи, що входять у систему Служби безпеки України, є юридичними особами, мають печатку із зображенням державного герба України та своїм найменуванням, інші печатки і штампи, рахунки в банках, у тому числі валютні.
Для організації і проведення антитерористичних операцій та координації діяльності суб'єктів, які ведуть боротьбу з тероризмом чи залучаються до антитерористичних операцій, при Службі безпеки України функціонує Антитерористичний центр. Положення про Антитерористичний центр при Службі безпеки України затверджується Президентом України за поданням Кабінету Міністрів України.