Відповідно до ст.1 Закону України „Про загальну структуру і чисельність Служби безпеки України” від 20 жовтня 2005 року органи СБУ становлять єдину систему, в яку входять:
- Центральне управління Служби безпеки України;
- підпорядковані йому регіональні органи;
- органи військової контррозвідки;
- навчальні, наукові, науково-дослідні та інші заклади, установи, організації і підприємства Служби безпеки України.
Для забезпечення виконання покладених на СБУ завдань у Центральному управлінні Служби безпеки України та підпорядкованих йому органах відповідно до закону створюються і діють функціональні підрозділи:
- контррозвідки;
- захисту національної державності;
- контррозвідувального захисту економіки держави;
- боротьби з корупцією та організованою злочинністю;
- боротьби з тероризмом і захисту учасників кримінального судочинства та працівників правоохоронних органів;
- досудового слідства;
- охорони державної таємниці;
- оперативно-технічних заходів;
- оперативного документування;
- спеціального зв'язку;
- організаційного, інформаційно-аналітичного, кадрового, правового, господарського, фінансового та інших видів забезпечення оперативно-службової діяльності Служби безпеки України.
При Службі безпеки України функціонує Антитерористичний центр.
Організаційну структуру Служби безпеки України затверджує Президент України.
Центральне управління СБУ видає положення, накази, розпорядження, інструкції, дає вказівки, обов'язкові для виконання у системі Служби безпеки України. У межах своєї компетенції Центральне управління СБУ вносить Президенту України пропозиції про видання актів з питань збереження державної таємниці, обов'язкових для виконання органами державного управління, підприємствами, установами, організаціями і громадянами.
Регіональні органи представлені Головним управлінням СБУ в Автономній Республіці Крим, управліннями СБУ в областях, містах Києві та Севастополі, а також їх міжрайонними, районними та міськими підрозділами, які утворюються в разі необхідності.
Для підготовки на базі повної загальної середньої освіти оперативних співробітників, перекладачів для органів та підрозділів СБУ, перепідготовки співробітників-військовослужбовців із вищою освітою та підвищення кваліфікації фахівців СБУ й партнерських іноземних спецслужб, функціонує Національна академія Служби безпеки України, яка акредитована за IV рівнем.
Керівництво всією діяльністю СБУ, її Центральним управлінням здійснює Голова Служби безпеки України. Він несе персональну відповідальність за виконання завдань, покладених на Службу безпеки України.
Голова СБУ призначається на посаду та звільняється з посади Президентом України. Голова Служби безпеки України має заступників, які призначаються на посади за його поданням та звільняються з посад Президентом України.
У СБУ створюється колегіальний дорадчий орган – колегія, яка визначає шляхи виконання покладених на Службу безпеки України завдань, приймає рішення з основних напрямів і проблем оперативно-службової діяльності та роботи з кадрами. Рішення колегії приймаються більшістю голосів і оголошуються наказами Голови СБУ.
До складу колегії входять Голова Служби безпеки України, його заступники та інші особи, крім народних депутатів України, призначені Президентом України. Положення про колегію Служби безпеки України затверджується Президентом України.