Межгосударственный Совет является высшим органом ЕврАзЭС. В его состав входят главы государств и главы правительств Договаривающихся Сторон.
Межгоссовет рассматривает принципиальные вопросы Сообщества, связанные с общими интересами государств-участников, определяет стратегию, направления и перспективы развития интеграции и принимает решения, направленные на реализацию целей и задач ЕврАзЭС.
Межгосударственный Совет дает поручения Интеграционному Комитету, обращается с запросами и рекомендациями к Межпарламентской Ассамблее, с запросами к Суду Сообщества.
Межгоссовет своими решениями может учреждать вспомогательные органы Сообщества.
Межгоссовет собирается на уровне глав государств не реже одного раза в год и на уровне глав правительств не реже двух раз в год. Заседания проводятся под руководством представителя Договаривающейся Стороны, председательствующей в Межгоссовете.
Функции и порядок работы Межгоссовета определяются Положением, которое утверждается Межгоссоветом на уровне глав государств-участников ЕврАзЭС.