К недостаткам этой школы следует отнести недооценку человеческого фактора.
Ф. Тейлор был промышленным инженером, поэтому основное внимание он уделял исследованию технологии производства, рассматривал человека как элемент производственной технологии (как машину).
Кроме того, эта школа не исследовала социальные аспекты человеческого поведения. Мотивация и стимулирование труда хотя и рассматривались как фактор эффективности управления, однако представление о них было примитивным и сводилось лишь к удовлетворению утилитарных потребностей работников (т.е. физиологических). (Следует учитывать, что в этот период наука социология и психология еще были недостаточно развиты. Разработка данных проблем осуществлялась в 1930—1950-х годах.)