Полномочия Президента как главы федеративного государства прописаны в Конституции РФ достаточно скромно, они скорее вытекают из его основных функций как гаранта Конституции. В ст. 85 Конституции закреплено такое полномочие Президента, как использование согласительных процедур для разрешения разногласий между федеральными органами государственной власти и органами государственной власти субъектов Федерации, а также между органами государственной власти субъектов. Если в ходе реализации этих полномочий разногласия не будут устранены, а приостановленный акт не будет отменен, то спор передается на разрешение соответствующего суда.
Из конкретных конституционных полномочий важное значение имеют назначение и освобождение полномочных представителей Президента, которые с изданием Указа от 13 мая 2000 г. образуют институт полномочных представителей в федеральных округах. Согласно ч. 4 ст. 78 Конституции РФ Президент вместе с Правительством обеспечивает «в соответствии с Конституцией Российской Федерации осуществление полномочий федеральной государственной власти на всей территории Российской Федерации. Президента имеет право приостанавливать действие актов органов исполнительной власти субъектов РФ в случае противоречия этих актов Конституции РФ и федеральным законам, международным обязательствам РФ или нарушения прав и свобод человека и гражданина. Президент представляет законодательному собранию субъекта РФ кандидатуру на должность высшего должностного лица, он вправе отрешать от должности это лицо, в определенных случаях распускать законодательное собрание субъекта РФ. Он также обладает правом отрешения от должности глав муниципальных образований и роспуска органа местного самоуправления.