рефераты конспекты курсовые дипломные лекции шпоры

Раздел Химия
/
Особенности компьютерного эксперимента

Реферат Курсовая Конспект

Выберите учебное заведение

Особенности компьютерного эксперимента

Работа сделанна в 2003 году

Особенности компьютерного эксперимента - раздел Химия, - 2003 год - Мутации структуры белковоподобного сополимера. Компьютерное моделирование Особенности Компьютерного Эксперимента. В Обоих Рассмотренных Методах Отсутст...

Особенности компьютерного эксперимента. В обоих рассмотренных методах отсутствуют какие-либо физические упрощения. Эти методы основываются на общих принципах классической физики и, в сущности, представляют собой лишь математическую численную реализацию соответствующих фундаментальных подходов к определению макроскопических характеристик системы исходя из заданных микроскопических законов взаимодействия частиц.

В определенном смысле компьютерную программу, по которой ведутся расчеты методами МД или МК, можно рассматривать просто как некую формулу хотя, возможно, и чрезвычайно громоздкую. По этой формуле шаг за шагом то есть оператор за оператором отслеживается вся логическая цепочка переходов от исходных соотношений, составляющих базис современного естествознания, к конечному результату.

Поэтому если в программе нет ошибок и предусмотрен надлежащий контроль статистических погрешностей неизбежных при машинных вычислениях, то полученные результаты будут строгими, то есть имеющими силу аксиомы для выбранной математической модели физической системы. Компьютерная имитация методами молекулярной динамики или Монте-Карло модели физической системы с целью изучения ее характеристик в зависимости от заданных параметров представляет собой численный компьютерный эксперимент с этой моделью Как уже упоминалось, что число частиц при моделировании методами Монте-Карло и молекулярной динамики с помощью современных суперкомпьютеров может достигать колоссальных величин.

Даже без суперкомпьютеров достаточно типичны численные эксперименты для значений N порядка десятков и сотен тысяч. Примеры успешного применения методов Монте-Карло и молекулярной динамики для моделирования равновесных составов смесей при постоянном давлении, фазовых равновесий, адсорбции на поверхности твердых тел, свойств жидкостей в микропорах и т.д. достаточно многочисленны.

Этими же методами решаются задачи поиска устойчивых конформаций поворотных изомеров полимерных молекул, чрезвычайно важные для биохимических приложений. 12,13 N,V, U r1, r2, ,rn Монте-Карло Молекулярная динамика N, V, T N, V, E Генератор случайных Решение уравнений динамики движений F ma Отбор с вероятностями P e-U kT Траектории r t, v t Усреднение Усреднение Равновесные свойства Равновесные и неравновесные свойства РИС. 2.2. Схема расчетов методами Монте-Карло и молекулярной динамики. 2.2.5.

Развернуть

Открыть в широком формате

– Конец работы –

Эта тема принадлежит разделу:

Мутации структуры белковоподобного сополимера. Компьютерное моделирование

Другими словами, естественно ожидать, что количество информации в таких последовательностях относительно высоко сравнительно высоко по сравнению со… Можно добавить, что по ходу молекулярной эволюции первичные структуры… Исследование различных возможностей эволюции последовательностей сополимеров является областью, где концепцию эволюции…

Если Вам нужно дополнительный материал на эту тему, или Вы не нашли то, что искали, рекомендуем воспользоваться поиском по нашей базе работ: Особенности компьютерного эксперимента

Что будем делать с полученным материалом:

Если этот материал оказался полезным ля Вас, Вы можете сохранить его на свою страничку в социальных сетях:

Все темы данного раздела:

Литературный обзор
Литературный обзор. Механическая модель молекулы Под моделью системы понимают выбор правил, описывающих взаимодействие частиц между собой и или с внешними полями, то есть в формулировке вида и спос

Основные подходы к математическому моделированию макромолекул
Основные подходы к математическому моделированию макромолекул. Основная задача статистической теории - вычисление средних значений различных величин, которые характеризуют поведение системы в состо

Методы молекулярной динамики МД
Методы молекулярной динамики МД. Метод математического моделирования, основанный на подходе усреднения по времени наблюдения называют методом молекулярной динамики. Суть его состоит в следую

Метод Монте-Карло МК
Метод Монте-Карло МК. Вычислительную схему, в основе которой лежит альтернативный вероятностный принцип определения средних значения, называют методом статистических испытаний или методом Монте-Кар

Решёточные и континуальные модели
Решёточные и континуальные модели. На основе решёточной модели выполнено множество теоретических построений, в частности связанных с решением классической и, в каком то смысле, основной задачи физи

Модернизированные методы компьютерного моделирования
Модернизированные методы компьютерного моделирования. Разработаны также имитационные методы, сочетающие принципы динамического и вероятностного стохастического моделирования. Они предназначе

Мотивы укладки цепи в белковых молекулах
Мотивы укладки цепи в белковых молекулах. Третичная структура белка это расположение всех атомов в пространстве. Для каждого белка третичная структура достаточно специфична и выявить общую т

Методы анализа белковых структур
Методы анализа белковых структур. В настоящее время не вызывает сомнения тот факт, что первичная структура белка определяет третичную. Поэтому возникает проблема предсказания пространственной струк

Определение гомологии первичных структур
Определение гомологии первичных структур. Этот метод применим не только к белкам, но и к нуклеиновым кислотам. Разработано множество программ, ищущих гомологии. Все они строят выравнивание a

Нахождение вторичной структуры
Нахождение вторичной структуры. Зная вклады отдельных взаимодействий в стабильность a-спирали, мы можем рассчитать свободную энергию спирализации любого участка цепи, а следовательно и Больцмановск

Дизайн белковых молекул
Дизайн белковых молекул. Задача дизайна обратная по отношению к задаче предсказания структуры. Если при предсказании мы должны найти пространственную структуру, наиболее пригодную для рассма

Конформационно-зависимый дизайн последовательностей цепи
Конформационно-зависимый дизайн последовательностей цепи. В этой главе рассмотрим НР - сополимеры, то есть полимеры состоящие из двух типов звеньев, и компьютерную реализацию дизайна различных моде

Молекулярные диспергаторы
Молекулярные диспергаторы. Подобную схему можно применить для получения другого класса сополимеров. На рис. 2.5. показана схема получения. Рис. 2.5. Получение молекулярных диспергаторов . 19 Такие

Моделирование мембранных белков
Моделирование мембранных белков. Рассмотрим получение модели НР сополимера, имитирующей мембранные белки. В этом случае неполярную прослойку обозначим как Н-звенья, а полярные опушки как Р. На долю

Оптимизация последовательностей белковоподобных сополимеров глобулярных белков
Оптимизация последовательностей белковоподобных сополимеров глобулярных белков. Один из методов получения белковоподобных сополимеров заключается в следующем. Начальная конфигурация это гомополимер

Дальнодействующие корреляции в белковоподобных сополимерах
Дальнодействующие корреляции в белковоподобных сополимерах. Рассмотрим корреляции между Н и Р звеньями вдоль белковоподобных последовательностей, которые сконструированы по схеме показанной на рис.

Модель и метод моделирования
Модель и метод моделирования. Глобулярные белки можно грубо считать как разновидность НР-сополимеров. В самом деле, мономерные звенья этих белков различаются тем, что одни аминокислотные ост

Результаты и обсуждение
Результаты и обсуждение. Рассмотрим некоторые моменты методики эксперимента. 8. Число усреднений и длительность расчёта. Рис. 4.1. Зависимость длин H- петель от числа модификаций. a 20 усреднений,